Bu bölümde, endodontik enfeksiyonlar ve mikrobiyoloji arasındaki ilişki üzerinde durulmaktadır. Enfeksiyon, mikroorganizmaların çoğalması ve hastalığa neden olma yeteneği ile konak organizmanın enfeksiyonu kontrol etme ve yok etme yeteneği arasındaki bir yarıştır. Endodontide, pulpa enfeksiyonu ve periapikal enfeksiyondan korunmak için doğal ve kazanılmış bağışıklık sistemine ek olarak mine, dentin ve sement gibi fiziksel bariyerler bulunmaktadır. Bununla birlikte, mikroorganizmalar da konak organizmanın fiziksel bariyerlerini aşmalarını sağlayan çeşitli mekanizmalara sahiptir. Mikroorganizmalar, endodontik hastalıkların en önemli etiyolojik faktörleri olarak kabul edilmektedir. Kök kanallarındaki bakterilerin hastalık oluşturma potansiyelini ilk kez 17. yüzyılda Leuwenhook gözlemlemiş ve daha sonra Kakehashi ve arkadaşları bakterilerin apikal periodontite neden olduğunu göstermiştir. Endodontik enfeksiyonlarla ilişkili bulgular ve semptomlar üzerine yapılan çalışmalar, bu enfeksiyonların polimikrobiyal bir karaktere sahip olduğunu ortaya koymuştur. En sık görülen mikroorganizma cinsleri Bacteroides, Treponema, Prevotella, Porphyromonas, Fusobacterium, Peptostreptococcus, Streptococcus, Eubacterium, Campylobacter, Actinomyces ve Propionibacterium'dur. Kök kanalı patojenlerinin tespitinde kullanılan laboratuvar teknikleri zamanla gelişmiş ve günümüzde mikrobiyom esaslı yeni nesil dizileme stratejileri kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışmalar, enfeksiyonların daha iyi anlaşılmasına ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesine katkı sağlamaktadır.(AI)