Bu bölümde, endodontik mikrobiyotanın tanımlanmasında kullanılan kültür ve moleküler tanı yöntemleri ele alınmaktadır. Ağız boşluğunun mikrobiyotasının pulpa ve periapikal hastalıklarda önemli bir rol oynadığı belirtilmektedir. Mikroorganizmaların varlığının mikroskopla gösterilebilmesine rağmen, endodontik enfeksiyonlar ve bakteriler arasındaki ilişkinin ilk olarak 1890 yılında Dr. Miller tarafından ortaya konduğu ifade edilmektedir. Mikrobiyal büyüme, yayılma, biyofilm oluşturma ve virülans gibi endodontik enfeksiyonlara neden olan mikroorganizmaların özelliklerinin bilinmediği ancak moleküler biyolojik araştırma tekniklerinin geliştirilmesiyle bu özelliklerin ortaya çıkarıldığı belirtilmektedir. İnsan ağız boşluğunda yüzlerce bakteri türünün yaşadığı ve bunlardan bazılarının ağız hastalıklarının gelişiminde rol oynadığı ifade edilmektedir. Kök kanal hastalıklarının polimikrobiyal enfeksiyonlar tarafından başlatıldığı ve enfeksiyonun ilk evrelerinde pulpanın fakültatif bakterilerin gelişmesine izin verdiği belirtilmektedir. Mikrobiyal eliminasyonun kök kanal dezenfektanlarının eklenmesi ve tedavinin başlaması sırasında pulpa ekolojisindeki değişikliklerden etkilendiği ifade edilmektedir. Endodontik mikroorganizmaların kültür yöntemleriyle analiz edilebileceği belirtilmektedir.(AI)