Protozoonlar, sığırlarda vücuda girme yolu ve affinite gösterdiği organlar nedeniyle türe spesifik sistemik hastalıklar oluşturabildiği gibi generalize hastalıklar da oluşturmaktadır. En yaygın dolaşım sistemi, genital sistem ve gastrointestinal sistemde enfeksiyon görülmektedir. Protozoonların bazı türleri çok patojen olup, ölümlere sebebiyet vermektedir. Bazı türleri ise öldürmese dahi, ekonomik kayıplar vermektedir. Hem ölümler hem de oluşan semptomlar ve verim düşüklüğü nedeniyle ve hem de zoonoz protozoonlardan korunmak için gerekli önlemlerin alınması, hastalık durumunda geç kalmadan tedaviye başlanması önemlidir. Theleria annulata, Babesia bigemina, Eimeria bovis, Cryptosporidium parvum, Anaplasma marginale, Trypanosoma evansi, Giardia duedenalis, Toksoplasma gondii, Sarcocystis bovicanis, Ehrlichia ruminantium, Neospora caninum, Besnoitia besnoiti ve Eperythrozoon wenyoni en çok adı geçen türlerdir. Protozoon hastalıklar, kontamine dışkı, su ve yemle bulaşabildiği gibi çiftleşme yoluyla da bulaşabilmektedir. Ayrıca böcek ve sinekler vasıtasıyla da hastalık oluşmaktadır. Patojenler, uygun koşulları bulduğunda geliştiğinden, hastalıkların görüldüğü alanlar değişiklik göstermektedir. Bazı hastalıkların bazı kıta ve ülkelerde daha yaygın olduğundan bahsedilmektedir. Ayrıca, barınma, beslenme ve hijyen koşullarının iyi olmadığı yerlerde, hastalıkların daha sık görüldüğü belirtilmektedir. Yüksek ateş, anemi, ishal, abort, süt veriminde düşüş, sarılık, kanlı idrar, öksürük, burun akıntısı, ödem, lenf yumrularında şişlik, dermatit ve nörolojik bulgular en çok bahsi geçen semptomlardır. Yapılan bazı rutin taramalarda, dışkı örneklerinin laboratuvarda incelenmesiyle, yapılan kan frotileri ve kan tahlillerinde veya serolojik testlerle teşhis konulabilmektedir. Bazı protozoon hastalıklarda ilaç kullanmadan iyileşme görülebildiği gibi bazı hastalıklarda ilaç kullanılsa bile ölümle sonuçlanabilmektedir. Enfeksiyonun seyri, parazit yüküne, konakçının sağlık durumuna ve dış koşullara bağlı olarak değişiklik göstermektedir. Hastalığın seyri, protozoonun türü ve yoğunluğuna göre belirlenen tedavi yönteminin erken müdahale ve aksatılmadan uygulanması, iyileşme olasılığını artırmaktadır. Bazı hastalıklar spesifik ilaçlarla tedavi edilirken, bazıları için geniş spektrumlu antibiyotiklerden, destekleyici tedaviden ya da bazı ilaçların indirek etkisinden fayda sağlanmaktadır.