Sistemik ve metabolik bozukluklar, beyin fonksiyonlarında çeşitli bozulmalara neden olabilir. Bu bozukluklar, kan şeker ve elektrolit düzeylerindeki değişiklikler, karaciğer ve böbrek fonksiyonlarının bozulması, asidoz, alkaloz veya hipoksi gibi durumlarla ilişkilidir. Bu tür durumların değerlendirilmesinde nörogörüntüleme yöntemleri yeterince duyarlı olmayabilir, ancak EEG beyin fonksiyonlarının değerlendirilmesi, tanı ve izlem sürecinde faydalı bir yöntem olarak kullanılabilir. Sistemik ve metabolik bozukluklarda EEG değişiklikleri genellikle yaygın serebral bozulmayı yansıtır. Bu değişiklikler arasında yaygın EEG yavaşlaması, epileptiform aktivite ile birlikte olabilen bir patern olarak sık görülür. Bununla birlikte, EEG, bu bozuklukların tedaviye yanıtını izlemek ve beyin fonksiyonlarında düzelme gözlemlemek için de kullanışlıdır. Bu bozukluklar genellikle bilinç değişiklikleri, bilişsel değişiklikler ve bazen motor ve motor-dışı nöbetlerle birlikte seyreder. EEG, ciddi ve geri dönüşümsüz beyin fonksiyon bozukluğu durumlarında negatif prognostik faktörleri belirlemek ve beyin ölümü tanısı koymak için de önemlidir. Karaciğer hastalığı da beyin fonksiyonlarında değişikliklere neden olabilir. Hepatik ensefalopati olarak adlandırılan bu durum, karaciğer yetmezliği nedeniyle biriken toksik maddelerin beyin fonksiyonlarına müdahalesiyle ortaya çıkar. Karaciğer hastalığında EEG, serebral fonksiyon bozukluklarının izlenmesinde faydalıdır. Bu durumda, normal alfa ritmi ile birlikte teta aktivitesi izlenebilir ve daha ileri evrelerde teta-delta aktivitesi gözlenir. Bilişsel fonksiyonlarda bozulma, yavaşlamalar ve bi-trifazik dalgalar ile paralel olarak EEG'de görülebilir. Trifazik dalgalar, karaciğer hastalığının ileri evrelerinde tipik olarak ortaya çıkar.(AI)