Bu bölümde, mikrobiyotanın vücut üzerindeki etkileri üzerine bir inceleme yapılmaktadır. Mikrobiyota, başta bağırsak olmak üzere mukoza membranları ve ciltte bulunan vücut organizmalarını ifade etmektedir. İnsan bağırsağı, mikrobiyotanın büyümesi ve gelişimi için uygun bir ortam sağlamaktadır. Bağırsakta bulunan mikroorganizma sayısı, insan cildindeki mikroorganizmalardan daha fazladır ve vücuttaki hücre sayısından 10 kat daha fazladır. Bu nedenle, insan bağırsağı mikrobiyal topluluğu, vücutta fonksiyonel bir organ veya ikinci bir insan genomu olarak düşünülebilir. Bağırsak ve beyin arasında karmaşık bir iki yönlü sinyal sistemi olan bağırsak-beyin ekseni, beyin fonksiyonunda önemli bir rol oynamaktadır. Giderek artan kanıtlar, bağırsak mikrobiyotasının beyin fonksiyonlarını uzaktan düzenleyebileceğini göstermektedir. Mikrobiyotanın fizyolojik fonksiyonları arasında patojenlere karşı savunma, besin sağlama, immün sistem fonksiyonunu etkileme ve bağırsak bütünlüğünü modüle etme yer almaktadır. Sindirilemeyen karbonhidratların fermantasyonu sonucunda üretilen kısa zincirli yağ asitleri, birçok biyolojik süreçte önemli bir rol oynamaktadır. Ayrıca, mikrobiyotanın etkileri mikroRNA'lar aracılığıyla da gerçekleşebilir. MikroRNA'lar, konak gen ekspresyonunu modüle edebilir ve bağırsak florasının konak mikroRNA ekspresyonunu etkileyebilir. MikroRNA'ların mikrobiyota tarafından regüle edilmesi, intestinal epitelyumu etkileyebilir ve inflamatuar bağırsak hastalığı gibi bozuklukların patojenezinde önemli bir rol oynayabilir.(AI)