Sindirim sistemi, memeliler ve kuş türleri arasında belirgin farklılıklar göstermektedir. Basit mide yapısına sahip hayvanlar bu açıdan tek mideliler (monogastrikler) veya ruminant olmayanlar (non-ruminantlar) olarak tanımlanır. Bu hayvanlarda sindirim, çoğunlukla mide ve bağırsak enzimlerinin etkinliğiyle gerçekleşirken, mikrobiyal katkı sınırlı düzeyde kalmaktadır. Çoğu hayvan, steril bir ortamda bulunmadığından, sindirim sistemleri mikrobiyal topluluklarla simbiyotik bir ilişki geliştirmiştir. Bu mikroorganizmalar genellikle ince bağırsağın alt bölümleri ve kalın bağırsakta yoğunlaşmakta olup, besinlerin parçalanmasına ve fermente edilmesine katkı sağlamaktadır. Bazı türlerde ise sindirim kanalının üst kısımları, hayvan tarafından doğrudan sindirilemeyen bileşenlerin mikrobiyal faaliyetler aracılığıyla parçalanmasına imkân tanıyacak biçimde evrimsel uyum göstermiştir. Sindirim kavramı genel olarak, yemlerin emilime uygun hâle getirilmesi süreci olarak tanımlanabilir. Çeşitli organlar, bezler ve yardımcı yapıların ortak işlevleri sonucunda gerçekleşen karmaşık bir biyolojik olay olan bu süreç; çiğneme hareketleri ve sindirim kanalındaki kasların ritmik kasılmaları gibi mekanik işlemleri, mide asidi ile ince bağırsakta salgılanan safra gibi salgıların etkisiyle gerçekleşen kimyasal tepkimeleri, ayrıca sindirim sisteminin farklı bölgelerinden veya mikroorganizmalar tarafından üretilen enzimatik aktiviteleri kapsamaktadır. Tüm bu mekanik, kimyasal ve biyolojik olayların temel amacı, yemlerin yapı taşlarını emilebilecek kadar küçük moleküllere dönüştürmek veya çözünür hâle getirmektir.