Bu bölümde, insan mikrobiyomunun ne olduğu ve İnsan Mikrobiyom Projesi'nin (HMP) amacı hakkında bilgi verilmektedir. İnsan mikrobiyomu, arkealar, bakteriler, mantarlar ve virüslerin insan vücudunda bulunan bir topluluğudur. HMP'nin amacı, ağız, solunum, sindirim, ürogenital sistem ve cilt gibi bölgelerdeki temel mikrobiyomun dağılımını ve insan sağlığı ve hastalığındaki rolünü belirlemektir. İnsan vücuduyla ilişkili olarak yaklaşık 100 trilyon mikrop, insan genlerinden 150 kat daha fazla işlevsel mikrobiyal DNA'ya sahiptir. Sağlıklı bir insan mikrobiyomu, sindirim, temel bileşiklerin üretimi ve bağışıklık sisteminin güçlendirilmesi gibi temel biyolojik fonksiyonları sağlar. Ayrıca, insan mikrobiyomu, patojen mikroorganizmaların büyümesini engelleyen doğal bir bariyer sağlar. İnsan mikrobiyomunun bakteriyel çeşitliliği nasıl farklılaştırılır? Klasik yöntemler, yüzyıllardır kullanılan yöntemlerdir ve bakteri örneklerinin kültür ortamında yetiştirilmesine dayanır. Son zamanlarda, insan mikrobiyomunun %80'ine kadarının bu klasik yöntemlerle kültürlenemeyeceği bildirilmiştir. Bu nedenle, insan vücudundaki bakteri çeşitliliği daha önce belirlenmemiştir. İnsan mikrobiyomunu belirlemek için daha güvenilir ve doğru olan yeni genotipik araçlar kullanılmaktadır. Bu yöntemlerde hedef DNA'dır, izolatlar değil, bu nedenle kültürleme zorunlu değildir. Bakteriyel çeşitliliği belirlemek için en yaygın olarak kullanılan moleküler yöntemler, 16S ribozomal RNA (rRNA) genini kodlayan DNA bölgesine odaklanan polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) tabanlı yöntemlerdir, ardından mikroarray ve son nesil tam genom dizileme (NGS) gelir. İnsan mikrobiyomunun metagenomik analizleri için en gelişmiş ve doğru yöntem tam genom dizilemedir. DNA tabanlı yöntemler özgül ve tekrarlanabilir olsa da, DNA örneklerinden ölü ve canlı hücreleri ayırt etmek mümkün değildir. Ayrıca, örneklemeden kaynaklanan küçük kontaminasyon yanlış sonuçlara neden olabilir, çünkü teorik olarak PCR ve NGS ile milyarlarca kez çoğaltılan 1 DNA molekülü, örneklemden gelen DNA olarak kabul edilecektir. Ayrıca, moleküler yöntemler hala pahalıdır ve daha fazla biyoinformatik analiz gerektirir. Kadın ürogenital sistemindeki bakteri popülasyonunun oranı nedir? Kadın ürogenital sistemindeki en yaygın bakteri cinsleri nelerdir? Metagenomik analizlerin yardımıyla, Henry Tisser tarafından 1900'lerin başında önerilen \"steril rahim\" klasik dogması yıkılmış ve sağlıklı kadın ürogenital sisteminde doğal bir mikro floranın olduğu ortaya çıkmıştır. İnsan vücudunda kolonize olan toplam bakterilerin yaklaşık %10'u kadın ürogenital sisteminde bulunur. Gönüllü sağlıklı kadınların üreme sisteminde en yaygın bakteriler Lactobacillus'tur ve ortalama popülasyonda %85-90 oranında bulunur. Diğer bakteri cinsleri arasında Prevo-tella, Gardnerella, Atopobium, Sneathia, Bifidobacterium, Megasphera ve Anae-rococcus yaygın olarak tanımlanmıştır. Çoğu mikroorganizmanın ürogenital sistemin mikrobiyomunu ergenlikten sonra geliştirdiği bilinmektedir. Menarş öncesi dönemde, vajinal mikrobiyota cilt ve bağırsak mikroplarının hakim olduğu mikroorganizmalardan oluşur ve bazı Lactobacillus spp. içerebilir. Ergenlikten sonra, Lactobacillus türlerinin büyümesini estrojen ve progesteron teşvik eder ve üreme döneminin başlangıcında ve sırasında. Lactobacillus ve diğer bakterilerin glikojen ve maltozu sırasıyla glukoza ve laktik aside metabolize edebildiği için, vajinal pH 3.8 ila 4.4 aralığında azalır, bu da sağlıklı bir kadın için normal vajinal pH seviyesidir. Bu nedenle, vajinanın mikrobiyotası cilt ve bağırsak mikrobiyotasından farklılık gösterir. Genel olarak, bakire mikrobiyota, Ravel ve meslektaşları tarafından tanımlanan farklı topluluklar tarafından karakterize edilir. Toplamda beş topluluk durum tipi (CST) - I, II, III, IV ve V, sırasıyla 104, 25, 135, 108 ve 21 mikrobiyal takson içerir. Farklı CST'lerde farklı Lactobacillus türleri(AI)