Bu bölümde, insan mikrobiyatasının doğumdan itibaren başlayarak zamanla çeşitlendiği ve deri, solunum, sindirim ve genito-üriner sistemde yerleşen bakteri topluluğu olduğu belirtilmektedir. Özellikle son 20 yılda yapılan moleküler ve biyolojik çalışmalar sayesinde sağlıklı insan genital mikrobiyatasının tür bazında belirlenmeye çalışıldığı ifade edilmektedir. Kadın genital sistem mikrobiyatası üzerine yapılan çalışmalarda, alt 1/3 lük vaginal kanal, posterior fornix, servikal kanal mukusu, endometrium, sol ve sağ fallow tüpleri, Douglas boşluğu gibi bölgelerde bakteri yoğunluklarının belirlendiği ve Lactobacillus türlerinin hakim olduğu görülmektedir. Lactobacillus'ların vaginal florada baskın olduğu bireylerin normal ve sağlıklı olarak kabul edildiği belirtilmektedir. Lactobacillus'ların ürettikleri laktik asit sayesinde vaginal pH'ı asidik düzeyde tutarak patojen bakterilerin üremesini engellediği ve bakteriyel vaginosis gelişimini durdurduğu ifade edilmektedir. Bakteriyel vaginosisin infertilite ile ilişkili olduğu ve infertil kadınlarda prevalansının yüksek olduğu belirtilmektedir. Erkek genital sistem mikrobiyatasının da çevresel faktörler ve alınan yiyecekler ile etkilendiği ve antibiyotik kullanımının mikrobiyata üzerinde etkili olduğu ifade edilmektedir.(AI)