Oftalmik fungal enfeksiyonların laboratuvar teşhisi, yüksek bir şüphe indeksi gerektirir ve hastayı oftalmik fungal enfeksiyonlara yatkın kılan belirli risk faktörlerinin farkında olmayı gerektirir. Mikotik hastalığın spesifik etiyolojik ajanının belirlenmesi, terapötik düşünceler için çok önemlidir. Örneğin, azollerin veya amfoterisin B'nin birçok fungal enfeksiyon için yetersiz olduğu bilinmektedir. Fungal enfeksiyonların klasik teşhisi, doğrudan mikroskopik inceleme veya doku kesitlerinin boyanması ve fungusun kültürde izole edilmesine dayanır. Antikor ve antijenlerin, metabolitlerin ve fungus spesifik nükleik asitlerin tespiti için yapılan testler ve konfükal mikroskopi gibi diğer yöntemler büyük ilgi çekmektedir. Orbita ve paranazal sinüslerin radyografik görüntülemesi, başlangıç değerlendirmesi ve sinoorbital hastalığın ilerlemesi ve tedaviye yanıtın izlenmesi için çok değerlidir.Doğrudan mikroskopik inceleme genellikle oftalmik fungal enfeksiyonların teşhisinde en hızlı ve maliyet etkin yöntemlerden biri olarak kabul edilir. Doğrudan mikroskopik inceleme ile özellikle belirgin bir morfolojiye sahip olan organizmaların çoğu spesifik olarak tanımlanabilir. Potasyum hidroksit (KOH) preparatları, mantarların tespiti için %89 ila %99 arasında duyarlılığa sahiptir. Giemsa, calcofluor beyaz ile birleştirildiğinde fungal enfeksiyonlar için yüksek duyarlılığa sahiptir ve eş zamanlı bakteriyel veya herpes enfeksiyonunu da tespit etmek için kullanılabilir. Bu bağlamda, boyalar tedaviyi yönlendiren ön bir teşhis sağlarken, kültür sonuçları beklenir. Bununla birlikte, spesifik olmaması ve antimikrobiyal duyarlılıkları belirleyememesi kullanışlılığı biraz sınırlar.KOH preparasyonunun mikroskopik incelemesi mantar yapılarının varlığını ortaya çıkarabilir. KOH'nun amacı, insan hücrelerini çözerek mantarların görselleştirilmesini sağlamaktır. Örnek, doku materyalini çözmek için %10 KOH ile işleme tabi tutulur ve alkaliye dayanıklı mantarlar bütün halinde kalır veya özel mantar boyalarıyla boyanır. Tipik maya hücreleri veya sferüller, H. capsulatum, B. dermatitidis, C. neoformans, C. immitis kompleksi nedeniyle oluşan enfeksiyonları gösterebilir. Doku içindeki fungal elementlerin mikroskopik tespiti, laboratuvarın örneği kültüre almak için en uygun yöntemi seçmesine yardımcı olabilir ve kültür sonuçlarının önemini belirlemekte yardımcı olur. Özellikle kültürde izole edilen organizma normal floranın bir bileşeni ise veya sıkça çevrede bulunuyorsa, bu son derece doğrudur. Örneğin, zygomycetous mantarların non-septat hifleri varsa, izolasyonu için malt agar veya koruyucu olmayan steril ekmek kullanılmalıdır. Doğrudan mikroskopi, kültürden daha az duyarlıdır ve negatif bir doğrudan muayene fungal enfeksiyonu dışlamaz. Gram ve giemsa boyaları, klinik örneklerde mikroorganizmaların varlığını göstermek için en yaygın olarak kullanılan tekniklerdir. Calcoflour beyaz, mantar hücre duvarını boyar ve mantarların daha kolay ve hızlı tespiti için flöresan yapar. Gram boyası, Candida ve Cryptococcus spp'nin tespiti için kullanışlıdır ve Aspergillus, Zygomycetes ve Fusarium spp gibi küflerin hifal elementlerini boyar. Metilen mavisi gibi alternatif boyaların hızlı teşhis için kullanılabileceğine dair kanıtlar vardır, ancak calcofluor-beyaz üstündür.Birçok mantar giemsa boyasıyla mavi renkte boyanır, ancak bu boyama özellikle dimorfik formların mayalarını tespit etmek için kullanışlıdır. Klinik örneklerde filamentöz mantarlar hyalin, dallanan, septat hifalar gösterir. Buna karşılık, dematiyöz mantarlar pigmentli hifalar gösterirken, zygomycetes karakteristik olarak geniş, şerit benzeri, aseptat veya seyrek septat hifalar gösterir. Melanin için Fontana-Masson boyası, oftalmik örneklerde dematiyöz mantarların görselleştirilmesi için kullanılabilir.H&E, GMS ve PAS gibi boyalar, sitolojik preparatlarda mantarların tespiti için kullanılır. H&E tüm mantarları görselleştirebilir, ancak bazıları gözden kaçabilir. GMS ve PAS boyaları, az sayıda organizmanın tespiti ve mantar morfolojisinin karakteristik özelliklerinin net bir şekilde tanımlanması için daha mantar spesifik boyalardır.İntraoküler sıvıların Gram boyaları, endoftalmite yaklaşık %50 oranında pozitiftir. Pigment granüllerinin(AI)